肾囊肿的病因尚不清楚，可能为肾实质缺血所致。关于肾囊肿的病因近来有专业人士认为是由已存在的肾小管憩室转变而来。囊肿可为单个或多个，常累及单侧肾脏，偶可伴对侧肾病变。囊内液体在化学成分上与血浆超滤液相似，外观似尿液，偶为血性。经测定，囊内液体每天可有近20次的分泌周期。囊的内径一般为0．5～1cm，也可达3～4cm甚至更大。典型的囊壁很薄，呈透明状，在多次感染后也可增厚，纤维化甚至钙化。光镜下，囊壁内单层扁平上皮细胞所覆盖，可呈非连续性排列。电镜下，上皮细胞的形态和超微结构似近端或远端肾小管上皮细胞，取决于其起源部位。随着囊肿的增大，其压迫可损坏肾实质，但还不至于使肾功能受损。一个孤立囊肿发生的部位可正好压迫到输尿管，从而引起进行性肾积水，这种情形出现后接着可并发感染。本病属中医症瘕范畴。肾囊肿的病因多认为由多由先天遗传或后天失养，肾气受损，络脉不和致肾囊血水内聚的囊性疾病。
    肾囊肿属于良性肿瘤，有人将其归入肾囊性疾病。在肾囊性疾病中，单纯性肾囊肿最为常见，其包括右肾囊肿和左肾囊肿。在50岁以上的人群中发病率超过50％。一般为单侧单发，也有多发或多极性者，双侧发生少见。单侧和单个肾囊肿相对无害，临床上常被忽视。任何年龄均可发生，但2／3以上见于60岁以上的人，被认为是老年病。囊肿自肾实质产生，突出肾皮质表面，外观呈蓝色，但也可位于肾皮质深层或髓质。囊壁薄，为单层扁平上皮，囊内含清亮浆液性液体。囊壁厚而不光滑，液体为血性者，提示有恶变的可能，恶变率为3％～7％。位于下极的巨大肾囊肿，可压迫输尿管引起梗阻、积液和感染。本病的发生原因尚不完全清楚，可能与先天性肾小球、肾小管结构异常和后天性损伤感染有关。
    总结历史文献，并结合肾囊肿的临床特点，专家认为，肾囊肿发病与肾精亏虚、气血不畅，痰浊内生，脉络淤阻有关，单纯的手术治疗治标不治本，不能从根本上抑制囊肿的增大，因此最好应用中西医结合治疗，通过活血通络、祛瘀清除等作用，使肾囊肿自然缩小。